Git絡みの問題であろうことは想像できましたが、VSの問題か、GitHub Extension for Visual Studioの問題か、Git自体の問題かよく分からず、Gitの設定にある「core.autocrlf」が関係ありそうな気がする一方、説明を読んだ限り関係なさそうに思えたので特に触らずにいました。
それが、まとまった数のファイルをCrLfに修正してcommitした後、PowerShellのCUIからそのcommitを含めてrebaseし、VSでリロードしたら全部またLfに戻っていたという問題が発生したので、思い切って以下のコマンドを実行。
git config --global core.autocrlf false
そうしたら、変な動作が全部消えました。
この設定を意識してtrueにした記憶はないものの、Git環境の構築は何度もやり直してるので、正確なところは不明。Gitの設定への理解不足といわれればそうかもしれませんが、こういう問題が起こるとは想像し難いものがあり、謎動作されるぐらいなら切っておいた方が面倒がないと思われます。
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